近代瑶族各支系都不同程度地保留着原始宗教残余。盘瑶、蓝靛瑶、布努瑶原始宗教信仰尤为浓厚。具体表现在自然崇拜、图腾崇拜、祖先崇拜和巫术信仰等方面。

法国的雅克·勒穆瓦纳、日本的竹村卓二等人透过老挝、泰国瑶族宗教现象的观察，指出瑶族宗教信仰受道教的深刻影响。一些学者认为，瑶族宇宙观中两大范畴是人和灵魂，而灵魂具有某种社会组织，其组织中的“大灵魂集团”是由十八大神构成的“中央政府”，而“所谓十八位高官就是构成这一万神殿阶层组织的最上层的道教的十八主神”，即玉皇、上清、灵宝、大清、灵皇、李天师、赵元帅、大海翻、张天师、拾殿、天府、邓元帅、圣主、中坛、地府、大位、小海翻、大渡桥。

从信和仪式制度等方面看，瑶族各支系的民间道教都可以称为梅山教，但只有盘瑶称其宗教为“穿通闾梅二教”，即把瑶族原有宗教与道教闾山派融合为一的一种宗教。其他支系则少有这种说法。十万大山山子瑶自称“奉道正一”，即奉正一道。连南排瑶的宗教被称为“瑶道”，即瑶族道教。盘瑶、山子瑶（蓝靛瑶）、民瑶、平地瑶、茶山瑶等支系近代宗教师有两类重要人员，一类称为师公，一类称为道公。两类神职人员在信仰和职能等方面有一定区别。师公崇奉唐、葛、周三人为最高神，度戒发的是“上元”印鉴，又崇奉梅山九郎为“法主”，其职责是为人驱鬼、祈福、还愿，其经书主要是各种神唱，每篇唱述一个神的来历、法力、职责和功德，道具有师公袍服、长鼓、锣、剑、神棍等，作法事时经常表演上刀山、过火海等惊险节目。道公崇奉上清、宇清、太清三清、玉帝为最高神，师父为弟子戒发的是“玉皇印”或“老君印”，又崇奉老君、张道陵为教祖，其职责主要是为人做道场，超度亡灵及打斋、修醮，其经书主要是经忏、疏文、奏表，道具有道服、扁鼓、锣、钹、剑等。这两类宗教师在山子瑶（蓝靛瑶）中划分比较清楚，在盘瑶、坳瑶、民瑶、平地瑶、茶山瑶中，二者是合二为一的，师公即是道公，道公也是师公，一身而二任，但通常只称师公。八排瑶无师公、道公称谓，而称“先生公”，但具备师道公职能。布努瑶、白裤瑶受道教影响少，只有魔公，并无师公、道公。

相传瑶族“始祖盘王死后，封建王朝，许令男女敬奉，描成人貌之容，画出神偶之像，广受子孙祭祀。”券牒记载：“贞观三年（公元629年）金光紫禄大夫兵部尚书，敕封盘瑶子孙，各敬奉香火，设祭盘王，持长腰木鼓，吹奏笙歌。”规定每年：“三月清明节，五月十五日仲夏节，六月六日尝新节，七月十四日目连节，十月十六日庆阳节（盘王节），十二月三十大年节……请动盘王、盘七郎、三清、圣僧和尚、禾花姊妹、行娘把伞圣帝”等神设祭。这与“十月朔为大节，岁首祭槃瓠，用糁杂鱼肉，叩槽而号”的史载和瑶族民间《传歌》中“还恩答谢逢还愿，唱歌念曲乐逍遥”之词异曲同工。此外，券牒还记述了“将高王身首用火焚化，取骨灰入瓦瓶之内安殡，埋于龙水凤山之地”的丧葬习俗。这些节日和宗教习俗，过去都很盛行，活动内容均与所述无异。瑶族节日繁多，丧葬习俗各异，祭祀的神祇，既有自然崇拜神、图腾崇拜神、祖先崇拜神，也有“三庙神”和“唐王圣帝神”等，其中，又分道教、佛教和多神信奉的神祗，反映了瑶族宗教信仰的原始性、特殊性和复杂性。

宗教信仰方面，以广西民族学院张有隽的研究较为全面和系统。他写的《瑶族宗教信仰》、《瑶族宗教信仰史略》、《试述近代瑶族原始宗教转化为人为宗教的几种情况》，指出瑶族经历了自然崇拜、图腾崇拜、鬼魂崇拜和祖先崇拜等，后来又受道教和佛教的影响，到了近代又有天主教和基督教的传入，宗教信仰日益繁杂。瑶族早期的巫师没有政治上的特权和经济报酬，除少数巫师演变为单纯从事宗教活动，并掌握政治统治权的头人外，绝大多数均参加生产劳动，尚未发展为脱离劳动的宗教职业者。“度戒”和“还盘王愿”是信奉槃瓠的瑶族的特有宗教仪式。“度戒”是青年男子必须经过的一种成丁仪式，度戒之后才可参加社会上的成年人活动，有资格去学法当道公，“死后可以升天”。杨庭硕、姜永兴的《白裤瑶传统信仰寨神剖析》一文，是通过对贵州荔波县白裤瑶（属“布努”瑶系统）信仰的寨神的调查研究，发现那里每个村寨有主副两个寨神的原因，是因为瑶族古代冬夏期间分别居于岩穴和树巢两种不同的居室。“树巢成了主寨神的替身，岩穴象徵着副寨神”，从原始社会生活的角度研究了白裤瑶的宗教信仰。

（3）适应性与变异性。宗教虽然是现实世界在人们头脑中虚幻的、歪曲与颠倒的反映，但它又是以现实生活为基础的。十万大山瑶族在信仰道教的同时又保留原始宗教信仰，这证明他们在信仰道教以前有过自己的原始宗教信仰时期。至于他们之所以接受道教信仰，除了道教产生并长期流传于南方，历史上中央封建王朝用行政力量大力推行等历史、地理方面的原因外，主要是瑶族长期游动刀耕火种，社会经济发展比较落后，同时道教的多神论和符篆、禁咒、斋醮、祈禳诸方术与瑶族固有的原始宗教有共同之处。因此，只要社会经济向前发展，宗教信仰就会有变异，例如十万大山板瑶经济发展水平略高于山子瑶，其道教信仰中的原始宗教成分就少于山子瑶，道教信仰水平则高于山子瑶。这证明瑶族宗教中的原始宗教与道教有一个随着社会发展而此消彼长的过程。

中华人民共和国成立后，党和国家在少数民族地区全面贯彻落实“宗教信仰自由”的政策，慎重对待和尊重瑶族的宗教信仰习惯，在瑶族地区宣传无神论和历史唯物主义，普及科学技术，使广大瑶族逐步认识到自然界和人类社会发展的规律，宗教信仰的观念逐渐淡薄。但瑶族地区经济发展相对落后，科学文化技术的发展不快，人们正确认识自然与社会的能力仍有待提高，所以，过去残留下来的宗教信仰习惯仍对人们的生产、生活有所影响。原始宗教、道教等信仰仍然存在。

十万大山瑶族的宗教信仰是他们经历过的外部世界在他们头脑中的虚幻的反映。尽管本世纪五十年代前，他们社会经济的发展处于十分落后的状态，但他们终究是处在四周围汉族、壮族封建经济的包围中，不可能不受到汉族和壮族封建文化的影响。另方面，他们闭塞的山居生活和落后的生产方式，又使他们得以保留本民族不少的传统文化。

瑶族的宗教信仰主要表现在对道教神的崇拜以及运用道教教义为己用，扩大民族宗教的影响力和神秘色彩。