20世纪90年代，国家出台一系列关于民族文化的保护政策，水族马尾绣第一次实现了跨越式的快速发展。1997年5月20日，国务院颁布《传统工艺美术保护条例》，明确提出：“国家对传统工艺美术品种和
技艺实行保护、发展、提高的方针”；确定传统工艺美术的保护标准：“是指百年以上，历史悠久，
技艺精湛，
世代相传，有完整的工艺流程，采用天然原材料制作，具有鲜明的民族风格和地方特色，在国内外享有声誉的手工艺品种和
技艺。”水族马尾绣首次纳入了政府保护的层面。2000年，文化部、国家民族事务委员会联合发布《关于进一步加强少数民族文化工作的意见》，要求各地抓好民族文化艺术
遗产的收集整理，做好保护少数民族老歌手、老艺人的工作。2003年1月1日，《贵州省
民族民间文化保护条例》公布实施。2003年1月20曰，文化部与财政部联合国家民族事务委员会、
中国文联启动了
中国民族民间文化保护工程。《
中国民族民间文化保护工程实施方案》的总体目标是：“通过‘保护工程’建设，到2020年，使我国珍贵、濒危并具有历史、文化和科学价值的
民族民间文化得到有效保护，初步建立起比较完备的
中国民族民间文化保护制度和保护体系，在全社会形成自觉保护
民族民间文化的意识，基本实现
民族民间文化保护工作的科学化、规范化、网络化、
法制化。”“保护工程”还确定了保护对象、保护方式与实施内容，提出从2004年到2020年分为三个阶段的实施步骤，具体规定了2004-2008年，第一期阶段的目标和工作任务，并制定了各项保障措施。系列政策的出台，进一步加快了水族马尾绣保护工作的进程。