明王朝急忙调韩雍率军进“剿”罗旁，起义再次处于低潮。正德初年，两广瑶、壮族人民不堪明王朝的压迫剥削，纷纷举行反抗斗争，斗争浪潮明王守仁剿灭八寨瑶民起义后于席卷两广边界的山区，地方“哨捕官都安菁盛石壁上刻字纪功司，报警不绝”。正德十年（1515年），赵林花、黎广雄等率罗旁瑶族义军攻陷高州，后遭提督都御史陶谐、总兵仇鸾的镇压，这支义军受到重大损失，余部在凤三舍、陈弟平、盘大南、汪歧山等人的领导下继续坚持战斗。明王朝连年用兵，均不能镇压瑶族起义，于是改用督府吴桂芳的建议，“督兵沿岸（即罗旁上、下江两岸），开山伐木，且耕且守，制其出没。”企图将义军困死山中。嘉靖四十四年（1565年），吴桂芳自南江口至新村洚水，“凡一百二十里之间，深人辟地，立营凡十所，设兵三百名”。“其初，旦夕严警，徭亦潜避；久而懈惰，徭乘夜分劫之，杀兵焚寨……”万历三年（1575年），明王朝重新用兵进“剿”罗旁。总督凌云翼征调“偃兵十六万人，浙兵五千人及土兵，大卒二十万”，于万历四年（1576年）十一月二十日向罗旁地区气势汹汹地扑来。义军“树栅为寨”，坚守要溢，以木棍、毒弩、垒石为武器，与数倍强敌进行斗争，不断出击，攻城堡，杀官吏，历时数月，终因敌我力量悬殊而失败。在短短的几个月内，官军攻破义军村寨“五百六十四所”，杀害一万六千一百零四人，搜捕二万三千一百余人，“渠魁尽戮，其冻馁焚死者不计”，并在罗旁地区设立东安、西宁二县，泷水县改由罗定州管辖。但起义的烈火并未最终熄灭，万历七年（1579年），部分被打散的义军重新组织起来，和广西六十三山、七山的瑶、壮族人民共举义旗，反抗明王朝的屠杀，后被提督刘尧梅率兵镇压，起义最终失败。

明中叶以后，女真分为三大部，即建州女真、海西女真及野人女真。据《大明一统志》记载：“盖女直三种：居海西等处者为海西女真，居建州、毛怜等处者为建州女真”，“其极东为野人女真”。居住在今辽宁省东部山区的称为“建州女真”；居住在今辽宁省北部和吉林省东南部的称“海西女真”，因包括叶赫、乌拉、辉发、哈达四个部落，也称为“扈伦四部”；居住在今吉林省北部和黑龙江省东部广大地区的则被称为“东海女真”或“野人女真”。其中建州女真、海西女真生产力发展水平较高，除传统的渔猎采集经济外，还比较普遍地出现了定居的农耕经济；野人女真则仍处于比较原始的社会形态之中。从万历三年（1575年）到万历十一年（1583年），称霸女真地区的首领王杲、王兀堂等相继被明朝击败。在与明朝的交往过程中，女真的社会经济得到不断的发展。据《清太祖实录》记载：当时东北女真“各部蜂起，皆称王争长，互相残杀，甚至骨肉相残，强凌弱，众暴寡”。由于女真各部纷争，相互仇杀不止，因此，统一女真各部不仅仅是女真社会经济发展的强烈要求，更是女真民族发展的必然趋势。在这种形势下，统一女真各部的历史重任落到了建州女真杰出首领努尔哈赤的肩上。万历十一年（1583年），努尔哈赤以祖、父十三副遗甲起兵，他釆取“恩威并行，顺者以德服，逆者以兵临”的手段，开始了女真各部的民族统一大业。努尔哈赤首先统一了建州女真各部，之后统一了海西女真。以万历二十九年（1601年）灭哈达为开端，努尔哈赤将进攻矛头指向海西女真，次第用兵，至万历三十五年（1607年）九月，灭辉发部；至万历四十一年（1613年）初，经两度征战，始将势力强大的乌拉灭掉。万历四十四年（1616年），努尔哈赤在赫图阿拉（今辽宁省新宾县老城）称汗，建立金国（史称后金），建元天命。后金天命三年（1618年）二月，努尔哈赤以“七大恨”为由兴师攻明。萨尔浒之战，努尔哈赤以少胜多大败明军。随后攻灭了明朝支持的叶赫部，统一了海西女真。与此同时，努尔哈赤采取征剿和招抚并用的手段统一东海女真。随着后金在辽阳之战、沈阳之战和辽西广宁之战的胜利，大批女真人进入辽沈地区，以女真人为主体的统一民族共同体逐渐形成。努尔哈赤在建立政权和统一女真各部的征战过程中，为了增强女真人的战斗力，在改造原有社会组织形式的基础上创建了著名的八旗制度。由此改变了女真人以往各部互不统属。松散放任的状态，使女真人紧密地联系在一起。明万历二十七年（1599年），努尔哈赤命巴克什额尔德尼、噶盖利用蒙古字母创制满文。首创的满文尚不完备，大体上仍是蒙古字的翻版，称之为老满文（无圈点满文）。满文的创立和改进，使满洲族有了自己的文字，对其民族的发展起到了积极推动作用。

嵯[山耶]庙嵯[山耶]庙在巍山县城东3公里的东山坡上。《蒙化志稿》载：“俗名土主庙，祀南诏武宣王隆舜。”隆舜年号为“嵯[山耶]”，故取庙名为嵯[山耶]庙。嵯[山耶]庙是一定历史条件下的产物，据《新唐书》记载：世隆为王时，对内排除异己，对外连年伐蜀,横敛于民，劳民伤财。隆舜继位后，一反他父亲的做法，“遣使于唐请和”，“遣段嵯宝诣岑南节度使辛谠请修好”（胡尉本《南诏野史》）。停止对蜀的战争，鼓励人民安居乐业，发展生产。因此隆舜死后，人们就在其始祖的发祥地上建庙塑像。当时庙建有正殿和厢房，正殿塑隆舜，西旁厢房塑白鹦太子和四郎太子。今巍山县文化馆存有一块康熙四十四年（公元1705年）立的《嵯[山耶]庙碑记》。

朱见深的《一团和气图》和明正德（1506-1521年）年间的《太和图》扉页、嘉靖四十四年（1565年）的石刻《混元三教九流图》（均又名《一团和气图》）创制后，都成为了劝善之画。《太和图》扉页的画面与朱见深《一团和气图》相似，亦合三人以为一，手捧卷轴上曰：“一团和气观三身，本性原来共一真，众生休别分三教，一体同看即一人。”《混元三教九流图》则仅画一位头绾双髻、口上留须的老者，双手掬一画卷，画右旋水纹汇集成海的图案，图上题以赞言具有“明劝戒”之哲理：“佛教见性，道教保命，儒教明伦，纲常是正，农流务本，墨流备世，名流责实，法流辅制，纵横应对，小说咨询，阴阳顺天，医流原人，杂流兼通……曲士偏执，党同排异，毋患多歧，各有所施，要在圆融，一以贯之，三教一体，九流一源，百家一理，万法一门。”