化学颜料的出现使得鲁锦的色彩真正丰富起来。鲁锦常用的颜色主要是大红、桃红、湖蓝、靛青、草绿、茄紫、杏黄、棕、白、黑等。染线前要把打好的纱线桄放在水里充分浸泡，并拿出来反复用洗衣棒捶打，然后拧水晒干。这样的处理相当于现代染色前的煮练，主要是破坏棉花的蜡质层以及去除面纱里的杂质，使棉纤维具有更好的吸水性，方便染色时纱线上色。染线时一般使用铁锅加热，锅内放入清水，加热成温水后将按照比例配好的染料下锅，待煮开后将打好的线桄放入。边煮边搅拌，尽可能让纱线充分吸附颜色，并达到均匀上色的目的。为了增加色纱的色牢度，还要酌情添加盐和白酒，可以达到固色增艳的效果。民间染色通常使用的是直接煮染，采用大锅煮染，染一次深一层色，色浓度虽然较好，但由于手工掌握不够规范，常常造成色彩不匀、牢度不够、有褪色现象的缺点，影响了织物的效果，因此家染的鲁锦布料不耐水洗，容易出现褪色和相互浸染的现象。近年来，随着棉纺染色技术的进步，鲁锦织物的色牢度才有了较大的提高。现在一般均是由组织生产的公司向印染厂购买色纱，从而解决染色问题。

传统鲁锦的染色物多为植物颜料，如茜草、靛青、槐米、杏根、石榴皮、花生米、红花、坑泥、锅灰、高粱壳、核桃皮等，也常会用到淤泥、锅灰、胶泥等。乾隆朝修订的《曹州府志》就有“茜草靛青可以为染，田间多种之”的记载。此外，要用明矾、黑矾（染黑色时）、酒、盐、石灰等固色。如用石榴皮染黑色时，要把石榴皮和黑矾混合泡成略带黄灰的黑色浆液；而用靛蓝染色时，也要把靛蓝和灰碱混合浸泡。但是由于植物染料和这些催化剂的质量很不稳定，再加上四季气温的变化，染色的效果并不总是十分理想。即使染坊的染师对此也十分无奈，常常抱怨：“土靛是很难用的东西，换靛换碱如换手”。没有经过专门训练的普通人则更难操作了。况且这些染料的着色程度很差，色彩淡，易褪色。所以上世纪初山东各地便开始引进化学染料。在其冲击下，1915年时省内的种蓝业已经衰落。20世纪50牟代的鲁西南农村集市上都有卖颜料的小摊。摊上摆放着一个个铁皮颜料盒。有洋黑、洋红、泡蓝、品红、品绿、纸黄等各种色彩。农村妇女织布染纱需要时就到集市上去卖。摊主用草纸包好，交与买主带回。若一次使用不了，下次赶会时候还可以退回。经常也有走街串巷的货郎捎带去村中出售。