花瑶居住区域森林覆盖率达78.6%，共有木本植物95科633种，奇花异草、名木古树比较多。根据1999年8月4日国务院批准《国家重点保护野生植物名录》（第一批），境内共有国家重点保护野生植物24种，其中I级有4种，分别是银杏、南方红豆杉、水杉、伯乐树；II级有20种，分别是樟树、闽楠、花榈木、任水、鹅掌楸、凹叶厚朴、红椿、毛红椿、喜树、香果树、黄皮树、伞花木、福建柏、金钱松、连香树、杜仲、桢楠、半枫荷、篦子三尖杉、榉树。据2003年6月至7月的野外考察结果，该区已发现陆生脊椎动物246种，兽类18种，禽类140种，鱼类20多种，蛇类30余种。整个动物区系表现为东洋界华中地区及华中区与华南区共有物种为主，南北成分混杂，华南区成分渗入的区系特征，境内保护动物较多，有国家级保护动物16种，其中国家I级保护的有黄腹角雉，II级保护的有大鲵（俗称娃娃鱼）、穿山甲、獐、豺、青鼬、长耳鸮、短耳鸮、松雀鹰、苍鹰、虎纹蛙等。