除了现代主义和传统主义的抗衡外，这一时期还发生了一系列新的教派运动，汇入群众性反帝反封建斗争的主流。这些教派运动反映了两种基本不同的倾向：一是力图恢复早期伊斯兰教的朴素形式，一是提出新的教义以发展伊斯兰教，两者都间接地否认了中世纪占统治地位的教义神学，以适应新的社会需要。兴起于阿拉伯半岛的瓦哈比教派（1750年），是伊斯兰教内部所作出的第一个宗教反应。在因西方入侵而加深的社会危机面前，瓦哈比派提出了“复古”的改革主张，体现了阿拉伯民族高涨的民族情绪。在印度等地继起的瓦哈比运动，以及苏丹的马赫迪运动、北非的塞努西运动等，都卷入了反帝斗争之中，对以后的“宗教复兴”运动留下了深远影响。伊朗的巴布派用巴布的《默示录》替代《古兰经》，新的教义在一定程度上反映了商业资产阶级的利益和要求。它的发展酿成了一场反对封建专制主义的人民起义（1848—1851）。在遭到血腥镇压后，巴布派中演变出一个新的世界主义宗教——巴哈教。起源于印度的阿赫默迪亚运动，也体现了第二种倾向，被一些穆斯林视为异端。