据林业部门资料统计，森林沿瑶人山的主峰向四面山谷分布，总面积67500亩。森林覆盖率达90%以上，是县境内惟一的原始森林。树种繁多，木本植物达432种以上，分属79科207属，其中有国家一、二类保护的树种，如福建柏、南方红杉、香榧、闽楠、紫楠、小叶红豆杉等，还有木莲、马尾树、石笔树、南岭黄檀、油杉、苦桃木、黄铁木等。此外药用植物如厚朴、黄皮、川桂、三七、党参、黄连、独活、柴胡等也极为丰富。山内林深树密，生态环境相对稳定，为各种野生动物提供了优越的栖息场所，已发现金钱豹、狗熊、称喉、野牛、野猪、山羊、狼、香樟、狐狸等；两栖动物有石蛙、角怪及树蛙等；飞禽有铁鸡、白山鸡、岩角、啄木鸟、猫头鹰等。1996年和1997年县境内有人捕捉到的金雕和蛇雕等国家一、二级保护动物也栖息于瑶人山。蛇类有眼镜蛇、眼镜王蛇、银环蛇、乌梢蛇、野鸡顶、青竹镖、菜花蛇及水蛇等。是一个生物种源丰富，生态系统相对稳定的地区。1980年原贵州农学院朱守谦教授到瑶人山考察时，建议将瑶人山作为重点生态保护区加以保护。1981年三都水族自治县开展农业区划，初步确定保护范围，同时县政府决定每年从财政划拨保护经费，招聘5名护林员。1991年后，省财政厅拨经费，县人民政府责成拉揽林场代管，护林员工资转由林场发放，一直保护至今。