意大利耶稣会教士利玛窦开创基督教在华传教第三个时期。明末有信徒近四万人。清康熙时教徒至十万余人。雍正以后，朝廷禁止传教。新教自一八〇七年由马礼逊传入我国。鸦片战争以后，西方国家取得内地传教权利，基督教有了迅猛的发展。由于该教的传布与外国侵略中国的行为相联系，不断引起中国人民的反抗，众多的“教案”就是明证。一九〇〇年的义和团运动，就是在反抗教会压迫的斗争中兴起的。至新中国成立前夕，我国有天主教徒三百万人，新教教徒一百万人。

唐太宗执行德化的民族政策，是以儒家“德惠”思想为核心，旨在维护封建统治利益，出于阶级的局限，不可能成为真正的民族平等政策。见于券牒的若干内容，约束和限制了瑶族先民的反抗斗争，阻碍着社会继续向前发展，甚至决定了瑶族先民在长期社会发展中民族生存与发展的命运。例如：“入户编籍”的瑶民必须“本份为人，毋得惹祸生非，各守正法”，不得反抗封建王朝；授予的土地，限于“千山万岭”的山区范围，迫使原来活动在长沙、武陵一带平原地区的瑶族先民，放弃原来优越的自然条件，退入山区，进行刀耕火种，长期过着游居不定、迁徙无常的游耕生活，到中华人民共和国成立前夕，这种状况仍然未得到很大的改变，这就是瑶族形成游耕民族的历史根源。券牒给瑶族人民带来的这些后果，正好说明它封建性、落后性一面的存在。

从清末到新中国成立前夕，是彝族近代学校教育开始并逐渐发展的时期。随着1840年鸦片战争爆发后，特别是19世纪末叶，外国传教士纷纷进入广大彝区进行传教，并兴办一些医院或学校。这些教会学校招收教徒，以学《易经》为主，还学习中国语文、史地、自然、美术、音乐以及英文、法文或拉丁文。有的传教士还用彝文编写教义，让彝族群众背诵。法国传教士在泸西县阿盈里和弥勒西山开办学校，还编写《法倮字典》进行教育。传教士兴办教会学校的目的是为文化侵略服务，但在客观上起到了普及、推动彝族教育的作用。清朝末年清政府采取了“废科举、兴学堂”的措施，对教育制度进行改革，开始了近代学校教育。云南于光绪二十八年（公元1902年）开始筹办学堂，次年改五华学院为高等学堂。光绪三十一年（公元1905年）各府及直隶州均成立中学堂一所，省会及各县办了一批初、高等小学堂。光绪三十三年（公元1907年）改高等学堂为两级师范学堂。此外还办过专为准备留学的学生讲授外国语的方言学堂，以及政治学堂、工矿学堂、女子师范、农业学堂、工业学堂等。这些学堂中有彝族子弟上学，惟其具体情况不详。辛亥革命前，云南地方当局为边疆民族教育着想，创办了一批“土民学塾”，并采取了一些特殊管理措施：以招收少数民族为主，“尤以招收逼近边界之土人为主中之主”；实行以民族语文教学为主的双语教学法；要求就地培养造就当地民族教师，要求从外地派去的教师“通习当地夷文、夷经，以利施教”，未通习前要配备“通事”（翻译）助教；设立“简易师范传习所”，分别解决外地教师通习民族语文和当地民族教师提高汉语程度的问题等。虽因诸种原因，办学成效不太显著，但这些特殊措施基本上体现了因民族施教，至今仍具有现实意义。辛亥革命后，彝族地区学校教育进一步发展。进入30年代，云南当局先后制定一系列文件，规定“土民小学”设在“土民聚居之地”，招收土民儿童比例不得少于80%。这些措施有利于发展边疆民族教育，对促进彝族教育的发展起了很大作用。