元朝设立云南行省，将彝族分布区分别划属于云南、四川、湖广等行省，分而治之。在彝族分布区，实行军屯和民屯，采取了一系列发展农业生产的措施。经过百余年的统治，使彝族地区社会经济发生重大变化，封建经济因素在滇东北和黔西北地区迅速增长，剧烈地改变着这些地区彝族奴隶制社会经济结构。元、明时期在彝区推行的土司制度，适应了由奴隶制向封建制的变化，同时，土司制度又大大促进了这种封建化进程。土司制度是羁縻统治的继续和发展。土司由中央王朝册封，长官由当地有影响的少数民族首领充任，具有世袭性。土司制度是封建王朝在社会发展形态落后的地区实行的一种政治制度，它适于封建领主制，而不适于奴隶制强大地区或处于原始社会下的地区，而在地主封建制已经确立的地区，则无设置土司的必要。明朝在云南中心地带设置的彝族土司规模都比较小，因为这里已是封建地主经济占主导，彝族封建领主势力比较分散。较大的彝族土司集中在贵州西部、滇东北以及川西建昌地区。

在元、明、清的历史文献记载中“爨蛮”和“罗罗”这两个族称一直并用或交替使用。明天启《滇志》卷十三说：“爨蛮之名相沿最久，其初种类甚多，有号‘卢鹿蛮’者，今讹为‘罗罗’，依山阻谷皆是。”乾隆《东川府志》卷八“种人”说：“爨人……明人呼为倮倮，居板屋，上压石……其酋长椎髻帕首，耳坠大金银珰，青布短衣，剪各色布缀毛褐统裙，尖头大鞵，肩披青毡一片。……元为黑罗罗，巴补凉山皆爨人，四乡八里爨人十居六七。”嘉庆《永善县志》种人说：“爨人……元为黑罗罗，惟滇之东川、昭通二府与蜀之雷波、建昌等处为多，但今土人统谓之罗罗，无所区别，不知孰为爨人，孰非爨人也。”景泰《云南图经志》禄劝州风俗说：“州多罗罗，即黑爨，亦名罗婺。”正德《云南志》武定风俗说：“土人有黑爨罗罗、白爨罗罗、木察……”蒙化府说：“境内有摩察（木察）者，乃黑爨之别种也。传云：昔从蒙化细奴罗来徙居此。平常执木弓药矢，遇有鸟兽则射之，无不获者。”彝族先民原称爨人，后来称罗罗，罗罗统称彝族，始于元代，其名称由来当如是。

首先，我们介绍一下西方研究者关于彝族族源的看法。19世纪末至20世纪初，一批法国人和英国人进入我国彝族地区，从事各种活动，发表了一批有关彝族调查研究的著作。在彝族族源问题上，一些站在殖民主义立场上的研究者，竭尽所能地鼓吹彝族是从西方东迁的外来人种说，制造了不少混乱。英国驻印度情报分局局长亨•理•戴维斯（Davies,H.R.）在其所著《云南——连接印度和扬子江的链环》一书中，说彝族“混有雅利安或其他外国人的血液”。法国军医吕真达（Legendre,A.F.）自称曾驻中国20年，旅行各省2万公里，著有《倮倮人的人种学研究》（LesLoLos:etudeenthrologiqueetanthropoloque,ToungPao,vol.x,1909）、《建昌倮倮》（TheLolosofKiantchang,Annualreport,1911）等文，俨然是一个彝族研究“权威”，却说彝族是一个“被战败的优秀人种”。其实，他们并非真的认为彝族是什么“高贵”种族，不过是企图将“独立罗罗”（IndependentLolo）从中国版图中分割出去而已。此外，还有什么“高加索人种”说也是同样的一种论调。所谓彝族人种外来说是为西方殖民主义者侵略目的服务的理论，并没有什么科学依据。