元朝设立云南行省，将彝族分布区分别划属于云南、四川、湖广等行省，分而治之。在彝族分布区，实行军屯和民屯，采取了一系列发展农业生产的措施。经过百余年的统治，使彝族地区社会经济发生重大变化，封建经济因素在滇东北和黔西北地区迅速增长，剧烈地改变着这些地区彝族奴隶制社会经济结构。元、明时期在彝区推行的土司制度，适应了由奴隶制向封建制的变化，同时，土司制度又大大促进了这种封建化进程。土司制度是羁縻统治的继续和发展。土司由中央王朝册封，长官由当地有影响的少数民族首领充任，具有世袭性。土司制度是封建王朝在社会发展形态落后的地区实行的一种政治制度，它适于封建领主制，而不适于奴隶制强大地区或处于原始社会下的地区，而在地主封建制已经确立的地区，则无设置土司的必要。明朝在云南中心地带设置的彝族土司规模都比较小，因为这里已是封建地主经济占主导，彝族封建领主势力比较分散。较大的彝族土司集中在贵州西部、滇东北以及川西建昌地区。