南朝袭晋仍建南蛮和宁蛮校尉。不过，宋“世祖初，罢南蛮併大府，而宁蛮校尉如故”。宋孝建年间（454-456年），南齐建元年间（479-482年）、延兴元年（494年）都曾罢南蛮校尉。虽然罢南蛮校尉，但不等于放弃对蛮人的制约，而是变相地设置了南蛮府。南蛮府比南蛮校尉范围更大，直通武陵境界和澧水流域及洞庭湖沿岸。之所以罢南蛮校尉并大府，其目的仍然是“部领蛮左，故别置蛮府焉”。南北朝时，南蛮校尉治所在湖北江陵，主要是控制荆州蛮。前面已叙，荆州地区蛮的势力最为强盛，所以沿袭晋代而设置南蛮校尉。南蛮校尉或南蛮府是治理蛮人的政治机构，又是制约蛮人的军事组织。南蛮府耗资“岁三百万，布万匹，绵千斤，绢三百匹，米千斛，近代莫比也。”可见其机构的庞大。南蛮府地处军事要道。《水经注·江水注》载：“县有油水（湖北公安县），水东有景口，口即武陵境界。景口东有沧口，沧水南与景水合，又南通澧水及诸陂湖，自此渊池相接，悉是南蛮府屯也。”可见其地位之重要。也正因为此，其等级虽为“第四品”，但其地位要高于一般的州刺史，其官职相当于“刺史领兵者”。

由于蛮族的不断反抗和蛮酋各据一方，僭称王侯，如蛮帅文子荣就自号仁州刺史。南北朝封建朝廷为了安抚蛮族，巩固其封建统治，对蛮酋采取了笼络和收买的政策，即封官加爵。有的封为刺史、郡守、县令，有的封为将军，有的封王等。魏“延兴中（471-476年），大阳蛮酋桓诞拥沔水以北，滍、叶以南，八万余落，遣使内属。孝文嘉之，拜诞征南将军、东荆州刺史、襄阳王，听自选郡县”。《魏书·蛮传》载：泰常八年（423年），“蛮王梅安率渠帅数千朝京师，求留质子，以表忠款。始光中（424-427年），拜安侍子豹为安远将军、江州刺史、顺阳公。”仅北魏，就曾先后封蛮酋为江州、南雍州、东荆州等州刺史。北魏兴光中（454-455年），“蛮王文武龙请降……拜南雍州刺史。”“魏以僧明（文增明）为西豫州刺史，守德（田守德）为义州刺史。”南朝亦分别有蛮酋封为沔东太守的田清喜，以及义州刺史、边城王的文僧和北上黄蛮酋文勉德请降后，“使其戍汶阳所治城子”等事例。