自2003年中国民族民间文化保护工程启动以来，黔南布依族苗族自治州迅速成立民族民间文化保护委员会，组织开展了一系列富有成效的工作。2004年，黔南布依族苗族自治州专门开展了对民族民间文化普查工作骨干的培训，组织实施普查工作，基本摸清了黔南非物质文化遗产的家底。在调查摸底的基础上，各县（市）进一步整理、归类、建立了10个类别，涉及259个项目的县级非物质文化遗产名录，其中，水族马尾绣被收录入县级名录。2005年7月，文化部下发了《关于申报第一批国家级非物质文化遗产代表作的通知》，在组织专家进行评审和论证的基础上，确定501个推荐项目，并于同年12月31日进行公示。根据社会各方面的意见，《第一批国家级非物质文化遗产名录》最后确定为518项，于2006年5月由国务院正式公布，水族马尾绣首次申报，便被列入第一批国家级非物质文化遗产名录。为贯彻落实《国务院办公厅关于加强我国非物质文化遗产保护工作的意见》的精神，总结非物质文化遗产保护工作的经验，2006年2月12日“中国非物质文化遗产保护成果展”在中国国家博物馆隆重开幕，水族马尾绣参加了国家举办的第一次全面反映非物质文化遗产保护成果的大型展览。