金秀瑶族自治县的卫生防疫事业得到了很快的发展，各级卫生防疫机构得到不断完善，卫生防疫队伍不断发展壮大，由1956年成立县卫生防疫站时的4名工作人员发展至有卫生防疫专职人员35名、乡村医生108名。全县各种法定传染病发病率从新中国成立初期的29317.44/10万下降至2001年的312.46/10万。10多年来全县没有重大传染病爆发流行。危害儿童身体健康的可免疫性传染病，得到了有效的控制：如白喉，1980年以来无该病例发生；脊髓灰质炎，1982年以来无野毒株确诊病例；麻疹，1986年以来无该病例发生；疟疾防治：1953年金秀瑶族自治县疟疾发病率为2851.80/万，1995金秀县成为广西第一个达到消灭疟疾的少数民族自治县，至今无内源性疟疾病例发生；布鲁氏杆菌病的防治，1997年经自治区考核审评达到卫生部、农业部颁发的《稳定控制》标准。