舜摄政后，继续征伐三苗，是为战争第二阶段。《左传·昭公元年》：“虞有三苗……诸侯并进，押主齐盟。”《说苑·君道》：“当舜之时，有苗氏不服。”舜于是征伐三苗，《尚书·舜典》：“分北三苗”，《史记·五帝本纪》：舜“迁三苗于三危，以变西戎”。“迁三苗于三危”当系“分北三苗”的注脚。三危系山名，在今甘肃敦煌市境内。有学者指出，所谓“迁三苗于三危”并不是把三苗全部放逐到西北，而是只放逐了那些带头造反闹事的上层头人，三苗的大部分仍留原地。舜在武力征伐的同时，还采取文化感化政策对付三苗。《吕氏春秋》说：“舜却苗民，更易其俗。”《说苑·道君》说，有苗氏不服，“禹欲伐之，舜不许，曰：谕教尤未竭也，乃谕教焉，而有苗氏请服。”《帝王世纪》亦云：“有苗氏负固不服，舜乃修文教三年，执干戚而舞之，有苗请服。”因修文教更易其俗的办法收到一定效果，以致舜帝南巡能至苍梧之地。但问题看来并未解决。