明清时期，瑶族祖先崇拜保留着原始色彩。一是保留对人类远祖盘古、伏羲兄妹的崇奉与祭祀活动。这可从这一时期湘南、桂北等瑶族地区建立的盘古庙及这一时期瑶族师公经书记载的盘古、伏羲兄妹唱词得到证实。二是重视民族始祖盘王（瓠）、密洛陀的祭祀。关于盘瓠祭祀，上文已叙及。密洛陀祭祀，虽无文献记录可査证，但根据20世纪50年代后的民族学调查所得资料判断，密洛陀祭祀在明清时期当十分盛行。三是保留共同祭拜氏族、村社祖先的习俗。南丹白裤瑶保留氏族、村寨公共墓地。清乾隆人李文琰云：“南丹有一种徭人，亲死不痊，置棺岩穴间，其家再有人死，则另覆其骨于别棺，取原棺回验，复置岩间。覆骨属翁与媳，隔之以布。棺满又装一棺，相沿成俗。家各一棺，村各一岩，不相混杂。”说明至晚在明清时期，白裤瑶还保留“村各一岩，户各一棺”的反映崇奉氏族、村社共同祖先的公共墓葬习俗。连南八排瑶地区，不仅保留公共墓地，还保留祭祀氏族、村社祖先的盛大仪式。上文举李来章著录康熙年间排瑶十月有“高堂会”祭祖活动，但未叙及祭祀地点和祭祀对象。关于这点，清道光姚柬之《连山绥徭厅志》有记述云：排瑶祭祖，有墓祭，有庙祭。

瑶族祖先崇拜甚笃，一般家庭都设神龛祭祀祖宗家先。龙窖山石屋因毁坏严重，石屋中的神龛遗迹不多。但竹铺沟石屋群有一双间的石屋的上屋中间，摆有一三角形的石台，下面用三块石块相垒，上面盖一块三角形的石块。显然是石屋主人祭祀祖宗家先的神龛。由此可见一斑。

瑶族崇拜房姓远祖，如广西大瑶山各支系一些主要姓氏都把远祖视为神灵，雕塑神像，供在庙里，或立有香炉，享受香火。茶山瑶的苏灵公、陶五、苏六、刘金相、陶金明，花蓝瑶的胡公度，山子瑶的蒋六、盘都镇，这些人被视为进入大瑶山开山立寨之祖受到供奉。连南排瑶每排立有太公庙，供奉盘古王公婆和各房姓祖先。“庙立于野，凡隶排者祭之，如群姓之大社也。无木主，刻木为像……不必肖其人，亦不能辨为谁氏之祖祢也，统呼之曰‘阿公’”。平时有“烧香公”专事上香，逢大节则举排祭之。

4.祖先崇拜。明清时期瑶族祖先崇拜之风盛行，一年中已形成比较固定的祭祖节日。据李来章于清康熙四十三年（1778年）任连山县令时，观察著录当地排瑶一年中祭祖情况：正月初一，天明，备酒肉、糍、茶各二碗，箸二双，拜祖宗；三月初三日，谓开春节，备酒、肉，祀祖宗；清明，凡祭新坟，亲族各送椿纸一束，焚于墓前；四月初八日，谓之牛王诞，备酒、肉，祀祖宗；七月初七日，谓之七月香节，备酒、肉、茶、盐、米饭各二碗，箸二双，祀其先祖；十月谓之高堂会，每排三年或五年一次行之，至庙宰猪奉神；除夕，备酒、肉，祀祖宗。