在湘南、粤北一些历史上瑶汉关系较突出，瑶民起义多发地区，近代清廷基本上沿袭明清时期设立的理瑶政制。所谓理瑶政制，即是在一些瑶族居住较多的府、州、县，在衙署内设立机构，或另立专门机构，委任理瑶县丞、理瑶同知、理瑶巡检，专门管理瑶务，代代相承，成为这类地区特有的政治制度。在理瑶官之下，还从瑶族头人中选拔，委任一些“瑶官”，称为“瑶首”、“瑶总”、“瑶长”、“瑶目”、“瑶甲”、“瑶练”、“山官”、“峒主”、“招主”、“抚瑶老人”等，协助州县抚瑶官办理瑶务，主要是处理纠纷，维持治安，招募瑶兵、瑶丁，协同官兵作战。这套制度延至清末不变。例如，在广东连县、连山、阳山三县，清康熙四十二年（1703年）在三江城设理瑶同知，雍正七年（1729年）改为理瑶军民直隶同知，嘉庆二十二年（1817年）又改为连山绥瑶军民直隶同知、连山绥瑶直隶厅，直属广州府不变，其同知与知府同级。道光十二年（1832年），清廷又允准在八排瑶中委任“瑶长”、“瑶练”，是为在八排瑶中任命瑶官伊始。清廷在八排瑶地区设立的这套理瑶政制，一直延续到清末民国中后期，说明近代封建专制主义在瑶族地区的统治日趋加强。