明王朝为巩固其在瑶族地区的统治，对瑶族人民的反抗不惜采用血腥镇压的手段。明洪武七年（1374年），明王朝对湖南东安县里溪峒蛮瑶进行“征剿”，“四十余里”内的瑶族惨遭“尽灭”。洪武二十四年（1391年），广东都指挥同知花茂率兵镇压瑶族农民起义，“捕斩连、郴、广右徭贼三万余人”。明万历四年（1576年），明王朝命总督都御史凌云翼率军“征剿”广东罗旁瑶族农民起义军，“破贼巢五百六十有四，擒斩贼级万六千一百有奇，渠魁尽戮，其冻馁焚死者不计”。

在军事上，明王朝对敢于反抗的瑶族实行残酷镇压。天顺六年（1462年），两广总兵官都督佥事颜彪率军“进剿浔州大藤峡等处徭贼，攻破七百二十一寨，斩首三千二百七十一级”。“所向无催折，积尸盈野，流血成川”。广西总兵官山云率官军“征剿”大藤峡时，不仅杀了一万多瑶、壮族群众，还把抓到的瑶族少年儿童“净身”，与选出的瑶族“美女”一起送人皇宫为奴仆。正统七年（1442年），浔州蓝受二在大藤峡率瑶族起义失败被俘，“上命即彼斩之，枭首示众；家口给赐有功之家。”连明朝官员也不得不承认，广西大藤峡，“今之贼所以倍徒于前者，其祸起于前日总戎者之滥杀无辜也……两广之人，众口一词，皆不愿再调官军，其故何哉？盖惩前日官军之害，尤有甚于贼也。”