女始祖崇拜是图腾崇拜的发展形式，是生产力进一步发展的产物。进入氏族社会以后，原始人支配自然的能力比氏族形成以前提高得快多了。妇女在氏族经济生活中的重要地位，自然受到尊敬，而子女是母亲所生这一生理现象也是有目共睹的，原始人并不是完全陷于宗教幻想，也在不断地积累实践知识，所以开始注意女性在繁衍氏族中的作用，从而幻想出始祖与图腾动植物感触或婚配而繁衍人类的神话。如我国古籍上说：炎帝族的女始祖女登遇龙感生炎帝，黄帝族的女始祖附宝见电光感生黄帝，尧族的女始祖庆都与龙交而生尧，舜族的女始祖握登见虹而感生舜，夏族的女始祖脩已吞薏苡而生禹，商族的女始祖简狄吞玄鸟卵而生契，等等。民族学提供的有关资料更为丰富，如我国傈僳族的“拉扒”氏族相传是由女始祖与虎婚配而生，“括扒”氏族由女始祖食乔麦而生，“弥扒”氏族相传女始祖与猴婚配而生，云南鲁魁山彝族方姓氏族相传为女始祖听到杰吾鸟晨啼而生，杨姓氏族则为女始祖喝了香芝麻棵茶而生。女始祖与熊交配而繁衍了氏族的神话普遍流传于西伯利亚的乌德人、埃文克人；纳乃人、奥罗奇人、道尔干人等之中。这样，女始祖也就作为氏族的保护者而成为与图腾祖先并存的崇拜对象。

虽然有了女始祖的观念，但神话中女始祖的形象往往介于人与图腾之间，常常表现为半人半兽或亦人亦兽的状态，和图腾崇拜中的图腾祖先的形象基本相同。不仅如此，这些被幻想出来的女始祖到后来被视作与人们有很大距离的“女神”，和氏族的现实祖先在性质上并不完全相同，仍然属于图腾祖先的范畴。例如我国川滇交界处的摩梭人、普米族、藏族所崇拜的女始祖“巴丁喇木”女神，凉山彝族过去崇拜的女始祖“罗罗摩”，都是母虎的意思。传说藏族、佤族的女始祖是母猴，怒族女始祖“茂英充”是蜂王变的。女始祖虽然被认为是氏族的直接祖先，但在生育上起决定作用的还认为是图腾，是图腾祖先灵魂的转生。所以女始祖崇拜仍然是对自然和人自身的结合崇拜，只是人崇拜自身的因素比重增加了。尽管这些女始祖仍然带有图腾的性质，但他们毕竟是以“人”的名义出现在人类认识史上的，故女始祖崇拜或可称为原始祖先崇拜。女始祖崇拜和图腾崇拜同属于早期母系氏族社会阶段的中心信仰形式。但“女始祖”崇拜已是自然崇拜和祖先崇拜分化的征兆。