在一些边远的瑶族地区，过去民族关系不是很紧张，清廷根据需要，于近代设立团总制。例如，上思县十万大山瑶族地区，光绪二十六年至光绪二十八年（1900—1902年）被广西天地会重要派系“三点会”（即“洪门会”）占据，强迫瑶、壮族群众入会，不入者捉人勒赎，到处拉生，抢夺群众粮食，强奸妇女。清廷派兵剿灭后，在当地建立团总制，委派瑶族中有影响的头人为“团总”，负责维持地方治安。又如，广西大瑶山在光绪二十九年至宣统元年（1903—1909）正月被郭三为首的“三点会”占为根据地，后被右江道总镇李国治率领各县官兵和团练入山剿灭。事平之后，李国治在罗运召集全瑶山七十二个长毛瑶村的石牌头人开会庆功，大肆犒赏，与石牌头人商定，把瑶山委为四团：罗香、罗运一带为一团，容洞、滴水、长垌为一团，金秀、长二、卜泉、低冰为一团，六巷、古陈、门头、大凳为一团。各团设立团总，由有威信的石牌头人充任。各团团总替官府出了力，后由李国治保荐，清廷给以五品军功，赏袍服顶戴及银两。十万大山、广西大瑶山以前都是瑶人自己治理的地区，清朝地方政府在这里设立团总组织，委任团总，是中央政治势力深入瑶族地区的典型事例。