由于明王朝对瑶民仍推行民族歧视政策，加之瑶族子弟不通汉语，基础差，生员少，一些府、州、县官员为节省地方财政开支，又将新设置的学校停办。如当时的广西荔波县（今属贵州省），自洪武十七年（1384年）设县治，洪武二十六年（1393年），其县因“生员苗蛮徭僮缺舌之徒，教养无成，不堪选贡，徒费民供，无益国家”，而“罢广西荔波县儒学”。广西思恩、忻城二县儒学，也因“县民稀少，多是徭、僮，非但言语不通，不堪训诲，抑且不愿人学，徒存学官，无所施教”，最后于宣德元年（1426年）罢掉。保留下来的学校，多招收地方官吏、豪绅的子弟，或是屯戍瑶区士兵的后裔，或移民后裔，瑶族百姓子弟多未受其实惠。

明王朝建立后，朱元璋十分重视学校教育，把教育视为治国安邦之本，在全国大兴办学之风。不仅“天下府、州、县、卫所，皆建儒学”，就是“宣慰、安抚土官，俱设儒学”，以达“化民成俗，以善其乡，成德达材，以资于邦”之目的。并规定府、州、县学生员专治一经，以礼、乐、射、御、书、数，设科分教。其学生来源来两种：一是官生（包括土官子弟），二是民生。明王朝规定地方的府、州、县官和府、州、县教官每年有向国家的最高学府——国子监“岁贡”和“选贡”学员的义务，这对瑶族地区教育的发展起了一定的推动作用。特别是广西的大藤峡、广东的罗旁瑶族起义后，明王朝出于加强封建统治的需要，更加注重瑶族地区的学校建设。在瑶族地区增设州、县，增派军队驻守的同时，还在府、州、县治所在地及圩镇设置学校招收瑶族子弟人学。如嘉靖初，唐胄“迁广西提学佥事，令土官及徭蛮悉遣子入学”。黄佐为广西提学时，也“择土民及徭、僮子弟教之”。