正当蒙古封建割据加剧之际，1616年女真族努尔哈赤建立后金王朝。后金的建立对蒙古的政治局势产生了巨大影响。首先改变了200余年来的明朝与北元的对峙局面，蒙古大汗林丹汗与明朝签订了共同反对后金的协议；其次，改变了蒙古内部的关系，努尔哈赤和他的继承人皇太极采用联姻、封爵等手段拉拢邻近的蒙古部首领，从而在蒙古内部发生了与后金和与战的斗争。努尔哈赤最初的战略目标是消灭明朝，但1619年的抚顺战役中札鲁特部受林丹汗旨令出兵一万援助明朝打后金，从此以后努尔哈赤把把攻击目标转向蒙古，努尔哈赤和皇太极利用蒙古内部的矛盾，联合科尔沁等部攻击林丹汗。林丹汗在与后金的战斗中失利，于1634年率部奔青海，在青海西拉塔拉病故。1636年蒙古四十九旗王公聚会多论诺尔，承认皇太极为蒙古汗。成吉思汗黄金家族的400余年的统治到此结束。