祭司权力和寺院经济的膨胀，必然在统治集团内部酿成与世俗贵族的矛盾。在埃及新王国阿蒙霍特普四世时期（约公元前1491—1465年），国王与祭司的矛盾激化起来，表面化为公开的冲突。当时，底比斯阿蒙神庙拥有巨大的财富，左右全国的政治。阿蒙霍特普为打击阿蒙神庙为代表的祭司贵族势力，便大力推行宗教改革。他在赫列欧帕里斯城和孟斐斯城地方祭司的支持下，决定恢复对传统太阳神的崇拜。阿蒙神庙祭司当然极力反对。阿蒙霍特普四世宣布全国崇拜一个宇宙间唯一的神——阿顿，这是以日盘为象征的太阳神。国王把自己的名字中的“阿蒙”去掉，改名为埃赫那顿，意为“阿顿的事奉者”。他于底比斯北部三百里处另建新首都，命名为埃赫太顿，在那里和全国兴建阿顿神庙。他通过否定阿蒙神，另立阿顿神的宗教改革，来否定阿蒙神庙祭司集团在国家的特权地位。

阿蒙霍特普四世的宗教改革，在宗教发展史上是用行政手段把传统的多神宗教改造为一神宗教的一次努力，但很快就失败了。他死后，继任法老吐坦阿顿与阿蒙祭司集团妥协，改名吐坦阿蒙，恢复“阿蒙”的传统称号。对阿蒙神的崇拜又重新恢复起来。这次宗教改革之所以失败，主要原因在于它是统治集团内部的权力之争，人民不但未得其利，反而身受其害。埃赫那顿建筑新首都、新神庙，以及对新贵族、新祭司的大量赏赐，耗费了巨量的财物。这项沉重负担必然转嫁到普通人民身上，人民当然不会支持这样一个不能带来任何好处的新神。这个历史事件充分说明了宗教传统信仰的顽固和祭司集团势力的强大。