自然科学的理论基础是唯物主义世界观，至于科学真理的发现者是否自觉地意识到这一点，那倒是相对次要的问题。因此，科学在宗教问题上必然导致对宗教神学的否定，得出无神论的结论。科学在每一领域的任何重大成就，都意味着在这个领域内自然规律的发现和对超自然力量的否定，意味着把上帝的作用和宗教的影响从这个领域中清除出去。在这个特定意义上，我们甚至可以说，自然科学的整个发展过程，实质上也就是一个接一个地攻占宗教堡垒的过程。由于两千多年来科学知识的发展，特别是欧洲文艺复兴以来近代实验科学的发展，自然界的整个领域基本上已为科学所征服，使作为造物主的上帝失去存身之地。恩格斯指出：“在科学的猛攻之下，一个又一个部队[宗教]放下了武器，一个又一个[宗教]城堡投降了，直到最后，自然界无限的领域都被科学所征服，而且没有给造物主留下一点立足之地。牛顿还让上帝来作‘第一次推动’，但是禁止他进一步干涉自己的太阳系。神甫赛奇虽然以合乎教规的一切荣誉来恭维他，但是绝对无条件地把他完全逐出了太阳系，只允许他在关系到原始星云的时候还有一次创造行为。在一切领域中，情形都是如此。在生物学中，他的最后的伟大的唐•吉诃德，即阿加西斯，甚至责成他去做十足荒唐的事情：他不仅应当创造实在的动物，而且还应当创造抽象的动物，即创造鱼这一个类！最后，丁铎尔完全禁止他进入自然界，把他放逐到情感世界中去。而他还允许他存在，只是因为必须有一个对这一切事物（对自然界）比约翰•丁铎尔知道得更多的人！这和旧的上帝——天和地的创造者、万物的主宰，没有他就一根头发都不能从头上落下来——相距不知有多远！”恩格斯的论述，概括地反映了自然科学从自然界中清除上帝作用的进程。我们在本章打算对此作一些具体的说明。