同时，生物学的发展也不断冲击着神创论。新大陆上许多动物的发现，很难使人相信那是挪亚方舟的主人从阿拉腊山远涉重洋带去的，动物种类的巨大数量（数达几百万种），也不是挪亚那个小小的方舟所能容纳得了的。各种动物之间的互相残杀和互相折磨，更难使人相信造物主的仁慈。在这历史条件下，关于生物进化的思想逐渐发展起来。法国生物学家拉马克开其端，英国生物学家达尔文总其成。达尔文于1859年11月发表了科学巨著《物种起源》，系统论证了生物进化论。它有两个基本内容：一是生物由进化而来；二是由于生物的高度生殖力引起生存斗争，进而产生对遗传变异汰劣留良的自然选择过程，于是造成了生物的进化，所以，自然选择是生物进化的原因和机制。达尔文学说以其丰富的实证和科学的推理很快在学术界和公众中产生了巨大的反响。对于宗教神学的上帝创世说，这是真正致命的打击。宗教神学家惊恐万状之余，对达尔文主义进行了疯狂的围剿。1860年（即《物种起源》问世后第二年），威尔伯福斯主教在英国协会怒斥达尔文主义说：“自然选择原则同圣经是绝对不相容的”。奇切斯特的教长在对牛津大学师生的布道讲演中说；“那些拒绝按照其显而易见的本意来接受关于人类始祖的创造史，而赞成代之以时髦的进化梦想的人们，使整个拯救人类的计划成了泡影。”这些来自神学家的攻击并不能阻挡科学真理的胜利传播。赫胥黎为达尔文主义所作的辩护和阐述，得到了生物学家们的支持和公众的承认。对于达尔文的伟大科学发现及其无神论意义。恩格斯给予高度的评价和热情的赞扬，1859年12月（即《物种起源》出版后的下一个月），恩格斯即在致马克思的一封信中写道：“我现在、正在读达尔文的著作，写得简直好极了。目的论过去有一个方面还没有被驳倒，而现在被驳倒了。此外，至今还没有这样大规模的证明自然界的历史发展的尝试，而且还做得这样成功。”神学目的论的被驳倒，实质上也是整个神学世界观的破产。

以基督教《圣经•创世纪》为典型代表的上帝创造人类和生物的宗教神学，直到十九世纪才被达尔文的生物进化论彻底粉碎。而生物进化论之所以诞生则得力于地质学关于地层演化的理论。十八——十九世纪期间，地质学家发现地球的地层保存着许多现已绝种的生物的化石，而且越是古老的地层，生物越是简单；越是新生的地层，生物越是复杂，更加接近于高等生物。这些地层的形成自然而然地被认为是通过悠久的历史过程而慢慢演化的结果（其中有水成派与火成派的争论）。如果按照《圣经•创世纪》的说法，地球的整个历史不过六千年左右，这对于地层化石层的沉积来说，时间实在是太短了。随之而来的结论是，既然不同化石层中的生物有着巨大的时间差距，《圣经•创世纪》所谓上帝在六天之内创造整个世界和一切生物的说法也只能当做神话故事。把不同化石层的生物物种连结起来，可以合理地构成一部生物连续进化的谱系和历史。