1963年7月，《水族社会历史资料稿》油印成册，潘一志将书稿分送国家、省图书馆和有关单位及个人。8月，潘一志收到州人民政府鼓励水族学研究成果的补助费300元人民币，1963年9月至1964年9月他赴北京中央社会主义学院学习。1964年12月当选为第四届全国政协委员。1965年应各方面的要求用打字纸重新刻写油印《水族社会历史资料稿》。1966年第二次油印工作刚结束，由于“文化大革命”已开始，装订工作被迫中止，随之书稿被造反派没收。9月1日，潘一志被红卫兵和造反派挂黑牌游街批斗。家中物品被查抄，藏书、文献和手稿资料被焚毁。面对人格、生命和自家三代诗文书稿惨遭不测，潘一志冒险上书全国政协。上告信由妻子朱鹤潜赴贵阳邮发北京。上告书信发出后，由于全国风雨如磐，是非颠倒，随后招来的是更加非人的折磨和批斗。在被隔离审查期间，潘一志的工资被停发，存款被冻结，每月和夫人的生活费只有15元。在长达5年的审查中，被迫写下20余次约10多万字的检查。