清军入关后，于顺治三年（1646年）开始向湖南、广东、广西等地大举进攻。在使用武力征剿的同时，清王朝十分注意招抚南方少数民族。顺治十七年（1660年），敕驻广西靖南王耿继茂：“苗、蛮、徭、僮，加意抚驭。康熙时，也强调“从来控制苗蛮，惟在绥以恩德”。对愿意归顺清王朝的瑶族首领，均给予重用。顺治四年（1647年），明代新兴县的土巡检肖震、土典史梁润、土典史陈天元、土典史陈千的后袭肖鸣岐、梁彩华、陈荣衢、陈达卿分别率所属瑶民“投诚归顺。顺治八年（1651年），行查各路徭丁、徭官州籍，准复原职世袭”。湖南兴宁县抚瑶把总，“旧驻永安堡，隆庆三年（1569年）设，时姓氏无考，亦无专属。国初时废。顺治十八年（1661年）招安复设，则皆住徭峒人承顶。”为了尽快地确立瑶族地区的封建统治秩序，清王朝尽量利用和维持明王朝原有的治瑶政策和制度，在瑶族地区的各级政权中设置专理瑶事的机构与官员，推行土司制度。