但是，这并不意味着水书阴阳五行体系就是科学了。事实上，它自身存在着许多不可克服的缺陷。它虽然被称为认识框架和认识体系，但它也只是在某些思想、形式和结构与科学认识有相似之处。就其内容看，它把世间万物都归为阴阳、五行几个方面的性质和功能，纳人阴阳五行这一循环系统中，并不能真正体现世界的无限多样性、层次性，与严格意义上的科学概念、原理、规律相去甚远。就方法而言，它主要采取的是象征和简单的类比，把经验牵强附会地套在阴阳五行上。其使用的词汇、术语也往往是含混的、模棱两可的，这样，阴阳五行观对事物现象的解释就带有很大的随意性和不确定性。这就给历代巫师留下了灵活运用的自由空间，使之足以应付各种反例而不被驳倒。这当然就不可能有科学性了。从结构上看，它虽然也包含着一套与经验相结合的方式，也有一定程度的逻辑推演，但就从总体上看，其逻辑并不严格，没有严格、准确的概念、术语，也没有较严格的经验事实基础。因此，我们说水书阴阳五行体系能充当认识框架，具有一定的认识功能，只是在于它的形式和结构，而在内容上，它与科学理论是有着本质区别的。

相对鬼神观体系而言，《水书》阴阳五行体系的建立，是水族思想史上的一个巨大的进步。它包含着许多朴素唯物主义和朴素辩证法的因素。这一点前面章节已讨论过，这里仅从科学思想起源的意义上讨论。与鬼神观体系不同，《水书》阴阳五行体系不是求助于某种拟人的、神秘的、具有鬼神相貌特征的精神力量，而是根据常见的自然实物所构想出来的物理“原理”来解释、预测和干预事物现象。它是在水文字的基础上，通过某种程度的抽象化、形式化而建立起来的符号体系，通过阴阳五行与经验的对应关系，通过映射、变换而展开其符号体系，由此而实现对对象的解释、预测和干预。可见，水书阴阳五行认识体系与科学体系在形式、结构和方法上存在着某种一致性，因为科学正是通过抽象化、形式化、符号化，通过映射、变换、重组而构建其体系的。可见，这套体系已经包含着未来科学发展的某些萌芽。

从认识的意义看，对象的时空及各种特性与阴阳五行的对应过程，就是将对象影射、变换到阴阳五行坐标系上，并在此基础上获得关于对象的阴阳五行结构和关系的过程。进而就可以根据阴阳五行间的相生相克、相反相承、平衡与不平衡等原理来解释、分析、预测和干预对象，实现对对象的“认识”。可见，以《水书》为规范，以阴阳五行观为其本体论内核，以对应、影射、变换为基本方法，通过与经验之间的不断结合、调整，便形成了一套能充当认识框架的水书阴阳五行的符号体系。