氏族制度的性质和社会人际关系的内容当然从根本上决定着氏族宗教的性质和内容，但宗教观念的内容和崇拜仪式活动的形式却要通过原始人的思维和想象来实现。因此，原始人到底用何种宗教观念来表现上述这两种基本对象，用何种行为方式和仪式活动来进行对它们的崇拜，则直接取决于原始人当时所达到的生产水平、智力程度和思维水平。各方面的研究都证明人类的早期智力很低，人与自然物的区分是朦胧不清的。反映在宗教观念上，对于支配自己生活的异己自然力量和异己社会力量也是混沌不清的。为了氏族集体的生存，氏族成员紧紧地结为一体，这就产生了对祖先的崇拜活动。但由于人与自然的混沌不分，早期母系社会的原始人把氏族的祖先与自然物混为一谈，这就产生了最早的图腾崇拜和半人半图腾的女始祖崇拜，这是氏族宗教的初始期。到了母系氏族制的晚期，由于社会生产力和人类智力的发展，人类对自身能力的认识已进步到把人与自然清楚地区分开来的程度，这在宗教观念上就表现为自然崇拜与祖先崇拜的分道扬镳，出现了女性祖先崇拜，女阴崇拜、鬼魂崇拜和早期的自然崇拜。所以母系氏族社会的早期与晚期，氏族宗教的内容和形式有明显的区別。这种人与自然对立，祖先崇拜和自然崇拜的区分，在父权制氏族社会中得到更高的发展。祖先崇拜对象从女性祖先为主发展为男性祖先为主；自然崇拜则从泛泛的魔力崇拜和精灵崇拜发展为神灵崇拜和魔怪崇拜。如果说，母权制氏族社会的晚期是祖先崇拜与自然崇拜分化的开始，那末，到父权制氏族社会时期则是这种分化的高度发展和完成。在实现上述两种崇拜对象的分化上，母系社会晚期与父系社会早期有共同之点。