在广西西部的壮、瑶族杂居区，则多把瑶族置于壮族土官的统治下。广西庆远府宜山县大安定一带，明初“因徭僮作耗，拨与思恩土官岑瑛管理”。明正统九年（1444年），又将该县小安宁等处的瑶壮全“拨付（岑）瑛带管”。庆远府南丹土州境内的瑶族，则置于南丹莫氏土官统治之下。这部分瑶族受封建中央王朝统治，又受壮族土官压迫剥削，命运极为悲惨。明朝前期，明王朝治瑶政策较为开明、稳妥，瑶族地区社会秩序也较稳定。明中叶后，由于吏治腐败，社会矛盾日益尖锐，明王朝在治瑶问题上采取了以剿为主的政策，残酷镇压瑶族农民起义。万历年间（1573—1619年），凌云翼镇压广东罗旁瑶族农民起义时，“克巢五百六十，俘斩招降四万二千八百余人。岑溪六十三山、七山、那留、连城诸处邻境徭僮皆倶。”明代广西大藤峡瑶族农民起义军经明王朝“剪灭之，几无遗类，余徭匿居深峒”。但这种以剿为主的治瑶政策作用不大，反而激起广大瑶族农民的愤慨，结果是瑶族农民起义此伏彼起，直到明王朝灭亡，各地瑶族的反抗斗争一直没有停止。在广西，自明正统十一年（1446年）后，各地瑶族起义不断，明王朝“虽先后讨大藤峡及柳州叛蛮，颇有斩获，而徭僮相煽为乱，讫不能靖”。