与女性祖先崇拜相伴而生的是对女性生殖器——“女阴”的崇拜。“女阴”崇拜实质上是和“女神”具有同一意义的崇拜，是“女神”崇拜的发展形式，其不同之点在于前者的表现形式不必是完整的妇女形象，而直接崇拜“女阴”本身，而且可以用象征性的东西来表示。在我国民族学资料上，“女阴”常以象征性的石头、岩洞、洼地来表示。如解放前贵州省有些苗族常拜石求子；云南白族妇女以剑川石窟的“阿盎白”（象征“女阴”的石雕）为求子对象；四川盐源有一个称作“打儿窝”的石洞，当地纳西族妇女视作“女阴”往洞中丢石以求子；永宁纳西族把干木山（“女神”）麓的洼地视作“女神”的生殖器而膜拜求子。更有意义的是，云南佤族把一个称作“司岗里”的岩洞叫“出人洞”，传说佤族、拉祜、傣等族皆从此洞“走”出，并有与之相联系的关于“播种节”由来的传说（认为佤族从此洞“走”出后才会种庄稼，这意味着庄稼随佤族一道从此洞“走”[生]出）。此洞显然是“女阴”的象征，而又和佤族一年最隆重的祈丰收节日联系在一起，充分地表明了“女阴”崇拜有促进人口繁衍和农作物生长的双重意义。因此，新石器时代特别是中、晚期发现的突出生殖器官和产妇特征的“女神”雕塑像，如巴格达附近的索旺遗址的“女神”雕像、我国辽宁喀左县东山嘴遗址的“女神”塑像，也可视作“女阴”崇拜的一种表现形式。