哥白尼的太阳中心说本身并不是完美无缺的。因为太阳的位置并不象他所说的那样处于宇宙的中心；太阳系行星绕日轨道也不是正圆、而是椭圆，太阳则居于椭圆的一个焦点之上。但这些缺陷并不降低哥白尼学说的革命意义：第一，它把地球从宇宙中心的宝座拉了下来，降为太阳系中的一颗行星。从而人类也不再是什么上帝特宠的“选民”，在宇宙中并没有特殊的地位。这从科学上彻底粉碎了基督教的上帝创世说和神学目的论的世界观。第二，日心说的科学结论与人们感性直接观察到的经验事实（太阳绕地球的视运动）直接冲突，为自然科学如何把经验观察与理性分析结合起来，如何透过现象把握本质的思维方法和认识方法，提供了有力的刺激和推动。第三，在自然事物方面向教会权威进行了公开的挑战，打开了教会统治的第一个缺口。