事实上三教也在互相吸收。道教吸收儒佛，前已有述。佛教依玄附儒，亦很明显。王公大臣、名士学者，乃至普通教徒，不少人三教或土教兼修，并无教门严格界限，这是中国文化传统中宽容精神的表现。慧远、宗炳、雷次宗、郑鲜之等皆兼修佛儒。梁武帝三教皆精，其佛儒论著，洋洋大观。陈代大儒张讥之学，同时为儒、佛、道信徒所传承。北周沈重讲三教义，朝士、儒生、桑门、道士至者二千余人。不过统治者多倾向以儒为主、佛道为辅，以此处理三教关系。南北各朝国学，都以经学为首位，而佛道从未正式进入国家正规教育中。处理军国大事或修定朝典祭仪，都从儒经中找寻理论根据。梁武帝敬佛最勤，然而只是由于“专事衣冠礼乐”，才使“中原大夫望之以为正朔所在”。北魏文成帝对儒佛关系处理得较为明智，既强调儒家传统祭祀的重要，又肯定佛教的配合作用，说：“夫为帝王者，必祇奉明灵，显彰仁道。”关于佛教，“等生死者叹其达，览文义者贵其妙明，助王政之禁律，益仁智之善性”，即佛教可以补充封建法制之不足，加强封建道德的影响。总之，在保持儒学正统地位的条件下兼容佛道，是那个时期思想文化思潮的主流。传统信仰与佛道的合流，扩大了宗教的影响，具有消极的作用；但三教是南北朝各代的共同信仰，它们使得中华民族在政治分裂的局面下，保持了思想文化的一致性，为后来隋唐的统一，准备了思想条件。