明末清初，我国伊斯兰教出现新的变化，一方面适应我国情况，出现许多支派，并在西北地区形成门宦制度；另一方面伊斯兰教学者的汉文译著活动大为活跃。比较重要的著作有王岱舆的《清真大学》、《正教真诠》，马注的《清真指南》，刘智的《天方性理》等。清咸丰、同治年间，又有蓝煦的《天方正学》、马德新的《性命宗旨》等。这些作者都是受过儒家文化熏陶的回儒，他们认为“回、儒经书，文字虽殊而道无不共，语言虽异而义无不同”。他们的做法是，将“天方经语略以汉字译之，并注释其义焉，证集儒书所云，俾得互相理会，知回、儒两教道本同源，初无二理”。例如将伊斯兰的“真一”说与程朱的“太极”说加以融合；将儒家“格物致知”加以改造，使之为“认主独一”的教义服务；将儒家的“五伦”称为“五典”，使之隶属于“忠于真主”这一最高信条。这样，伊斯兰教就更深地扎根在中国这块土地上，伊斯兰教文化成为中华民族文化的有机组成部分。