四月十八日，九阡根据地的保卫战开始了。潘新简和吴邦吉分别率领义军在九阡地区展开激战。当时，友军队伍已先后撤走，九阡地区毫无外援，清兵势众，又攻克了九阡四周的不少营卡、关隘，情况十分危急。潘新简拒敌于十里大坡，两军激战，炮火齐轰，岜凯、石板寨等处，炮声震响十里之外，义军伤亡惨重。二十三日，吴邦吉在水各阻击清军被擒（一说诱降）。当时，九阡大坝子及松树脚一带都是战场，两军进行殊死的斗争。义军退到水梅，师爷潘有伦、白文秀不幸壮烈牺牲。清军趁势占据水梅。义军据守坝丢大卡，坚持抗敌。潘新简率领勇士坚守帽盒山、猪场、石板寨、梅采山寨等几个最后据点，抗击清军。当时，孔宪隆率领的广西清军势众，在九阡主峰坝洗山安营扎寨。并屯兵各寨，大肆搜捕，共烧毁27个村寨，行文张榜招抚及缉拿潘新简。四月二十六日，猪场和帽盒山相继失守，潘新简率义军退守梅采。五月初六，孔宪隆聚集数千清军围攻梅采。敌我悬殊极大，潘新简领百余名勇士和清军恶战于梅采村外。十二日梅采失守。潘新简看到大势已去，不得不放弃坚守了15年的九阡根据地，逃往下江白岩，又转回拉易、滚通走古州、苗龙一带打算联络各地义军，以图恢复大业。不料，在清军重赏之下，六月三日，潘新简被内奸出卖，俘获后被送交到孔宪隆处。