水族“万物皆有对”的两点论及进一步引出的朴素矛盾观，最集中地体现在阴阳五行学说中。阴阳五行观又是《水书》的基本思想，撇开鬼神观的内容，《水书》就是以“阴阳五行辩证法”而展开其体系的。用阴阳来概括各种相互对立的两个方面，把宇宙中的一切都归结为两种相反同时又相互依赖的事物、性质、状态、功能、作用和力量，并把阴阳关系作为普遍的宇宙法则。五行说把万物归为金、木、水、火、土五种要素或性质，通过五行之间的相生和相克、平衡和转化来解释万物。同时，五行又是与阴阳结合在一起的，这种结合使五行结构组织具有了一种内在的动力，即在阴阳两种力量的作用之下，五行体系中相生相克的具体运转才得以进行，使万物“运行不息”。概言之，《水书》阴阳五行认识体系，就是通过阴阳之间及五行之间的相反与相承、相生与相克、平衡与不平衡等关系及其展开而构成。这已经体现了一种朴素的辩证思想，即体现了联系、运动和矛盾的思想，体现了系统和整体的思想。

水书阴阳五行观的解释，就是借助于阴阳五行体系，使经验事实在阴阳五行的意义上获得某种“合理性”，并在这一体系上为人们所理解的过程。水书阴阳五行的预测，是通过阴阳五行间的相生与相克、平衡与不平衡等“原理”，分析对象的阴阳五行结构和关系，并对阴阳五行的符号系统进行某种推演，进而“预知”事物的未来进程。水书阴阳五行的干预则是在解释和预测的基础上，通过改变对象的阴阳五行来影响事物进程的一种活动。它们都是建立在水书阴阳五行体系之下，通过经验事实与阴阳五行的联系而实现的。其中解释主要是为了理解当前的事物，预测是为了知道事物的将来，干预则是要改变事物的进程使之符合人们的需要。

就《水书》阴阳五行体系看，是通过阴阳之间及五行之间的相反与相承、相生与相克、平衡与不平衡等关系及其展开而构成。可以说，水书阴阳五行观已经体现了一种朴素的辩证思想，即体现了联系、运动和矛盾的思想，体现了系统和整体的思想。而且，在《水书》的许多具体条目中也体现了这一点。如《花消》条目的日子是忌安葬的。如果葬人对此日，就死掉粘糊棺材的人；如果开追悼会逢此日，就会死第一个扛旗幡、盖伞的人，或者是送旗幡、盖伞来的客方头目。又如《旁当》条目的日子，忌安葬，忌做保寨的“当幸”鬼。如果犯了就会出现：“念衬门鬼，衬寨门神”，逢上“旁当”畜群损伤，念衬寨门家门的鬼，怕寨内家破人亡。用“旁当”日，口舌祸患引进来。要是再与“九己”日重合，就遭受大口舌，逼得背井离乡。这说明，单独犯了“旁当”日，凶祸略轻一点，要是这天还与“九己”相重合，祸患就会加重。这是人们把连锁反应，即祸不单行的事件，看成是多路（多个）凶鬼联合作祟的结果。

当然，也应该清楚，我们探讨这一问题，只是从民族历史文化的角度来认识其历史的合理性，在科学技术日益发展的当今社会中，这些思想已经远远落后于时代。特别是，当水书阴阳五行观被用于算命和择日之类的迷信活动时，它所起的作用只能是负面的、消极的。我们现在要做的应该是，用科学的世界观、科学的理论和方法去教育影响民族地区的群众，使之逐渐认识其负面影响，促使其自觉抵制各种落后的和错误的思想的影响。