主成分分析是一种常用的多元统计方法，用来考察不同人群单倍型频率数据的相似程度。两个群体在主成分图上位置图越接近，说明他们之间亲缘关系越近。图3是东亚几个主要族群Y染色体单倍频率的主成分分析图，该图解释了74.7%的总体方差。苗瑶系统人群（黄色）在图中分布于侗台（紫色）和汉藏系统（粉红和蓝色）人群之间，揭示苗瑶系统人群的Y染色体是汉藏和侗台的过渡类型。