邓恩铭的祖辈世代务农兼家传草医。祖父邓锦庭务农之外，农闲时即外出走乡串寨行医、采药。为了在县城里行医、卖药的方便，邓国琮在城里北街上修了间木房（即邓恩铭烈士故居，贵州省政府定为省级革命遗址文物保护单位）。1905年，邓国琮将家迁到荔波县城居住。后来，与人合伙在十字街口开设了一间“双合号”药铺。为了维持家庭生计，邓恩铭的生母黄老秀也做些布鞋、绣花等手工活儿赚些小钱，打豆腐零卖以贴补家用。长大后，邓恩铭经常在天不亮时起床帮助大人推豆腐，天亮后陪同母亲赶早市卖豆腐。幼年、少年的邓恩铭，就在水浦与县城荔波度过。