不过，科学与宗教的这种历史的混合状态必然随着历史的进展走向解体。由于社会实践的发展和人类认识的深化，过去那种在想象和猜测中表现出来的知识，或者得到经验的确认和理性的论证，逐步克服了原来所有的想象性和猜测性，从自然哲学体系和宗教神话世界观中分化和独立出来，变成为实证性的科学。在科学知识的这种发展面前，历史上的宗教一般总是站到了实证科学的对立面，视科学为异端。这是因为作为古人幻想产物的神话世界观已被宗教神圣化为不可更改的教义，神灵安排和操纵的自然秩序决不能跟在科学发现的后面随时改变。至于哲学世界观对此的反应，则出现两种不同的情况：或者适应实证科学的发展而不断充实自己的内容，改变自己的形态，并为科学的进一步发展提供认识论和方法论的工具；或者附合已被新的科学发现所推翻的旧说和神话世界观，并为之提供玄学上的辩护。科学、哲学、宗教三者之间的这种关系，普遍存在于东方和西方的历史中，而在近代实验科学的发源地——西欧，表现得允为明显，也更加尖锐。以哥伯尼太阳中心说为开端的近代实验科学，是科学的本质的真正体现，是近代科学与宗教世界观彻底决裂的第一次宣告。唯其如此，传统的宗教神学对之作出了激烈的反应。宗教与科学本质上的对立被历史所掩盖的那种朦胧状态从此结束，它们的本质从此都越来越充分地展现于历史进程之中，走上了公开冲突的道路。这种冲突犹在继续。至于今后，尽管已有调和宗教与科学之对立的各种方案，而且有些神学家和有些科学家、哲学家都曾为此做了努力，但至今看来并未取得多少实际的效果，科学的新发现仍在不断冲击宗教神学的堤岸。二者的对立，在我们看来是本质性的，难以调和和克服的。那末，从哪些方面可以说明科学与宗教本质上的对立呢？这种对立在历史上是如何展现的呢？为什么不能调和呢？以下我们将分别讨论这三个问题。由于产生于西欧的近代实验科学乃是自然科学的标准形态，它与基督教的关系又集中而典型地反映了科学与宗教各自的本质，所以，我们选择了它们作为参照系展开我们的论述。宗教与科学在本质上的对立可以从下述四个方面予以说明。