1840年的鸦片战争以后，资本主义列强逼迫清政府签订了一系列的不平等条约，获得了在蒙古地区销售商品的掠夺资源的权力。随着外国商品的进入，蒙古王公贵族的生活品的需求增加，开支愈来愈多。为了满足日益增多的金钱需求，招农出租旗地，收取租金；鸦片战争以后国内阶级矛盾尖锐化，1850—1864年爆发了太平天国农民起义。对清朝统治给予严重打击。为了缓和阶级矛盾，安置无路可走的饥饿逃荒的农民，放弃了禁止汉族农民迁居蒙古地区的禁令，对大批流入蒙古地区的汉族农民表示默认。19世纪60年代以后，清朝统治阶级内部的力量对比发生变化。蒙古王公贵族势力逐渐削弱，形成“蒙王不足倚，蒙兵不足恃”的局面。而以曾国藩、左宗棠、李鸿章为首的洋务派势力，成了清朝维持其统治的主要依靠力量。满蒙贵族的联合统治，逐渐被满汉官僚的联合统治所代替。清朝统治集团内民族成分的这种变化，导致清朝对蒙政策的改变——解除“蒙禁”政策，移民开垦；改变蒙古王公统治的自治体制，以州、县代替。1901年在全国推行新政，在蒙古地区（主要是内蒙古）的具体措施是实行“移民实边”政策。清政府出面招徕内地农民开垦蒙地，强迫蒙古王公报垦，从而使大片的肥沃牧场变成农田。蒙古牧民无奈，有的弃牧务农，有的则迁居荒无人烟的沙漠地区。汉族聚居区设州县，蒙古王公不仅无权管辖州县，反而把蒙旗自办的“新政”也交绐州县官监督，原来蒙旗自身审理的案件，州县有权复审。这样，蒙古王公的原有自主权益受到损害。因此，清朝政府实行“移民实边”政策后，原来清朝政府主要代表满、蒙贵族阶级的利益，演变为“更多地代表汉族官僚地主阶级的利益，公开而明显的民族歧视、压迫和掠夺”（郝维民主编：《内蒙古近代简史》30页），对蒙古进行大汉族主义统治。因此，清末保护牧场，保护蒙古原有之自主权益，便成为蒙古各阶层的共同要求。辛亥革命爆发后，蒙古地区发生的“独立”、“自治”运动的主要原因就在此。