医学研究部门通过对水族群体抽血进行DNA鉴定，得到科学的结论，说明水家先民确实是西北地域民族的血缘。史学界公认华夏民族发祥于中原，苗族是由黄河流域南迁。DNA鉴定表明，水族与汉族、苗族的亲缘关系也甚密。1997年，贵阳医学院遗传专家对贵州汉族、苗族、布依族和水族等几个主要世居民族作了人群线粒体DNA多态性进行研究，将三代都是同一民族家庭的150份标本进行2600余次实验。结果表明，水族分别先后与汉族和苗族的一支相聚，其中苗族与汉族关系最近。反而没有得到支持水族与布依族接近的有力证据。

但是在水族古代和近代社会中，母系血缘关系与父系血缘关系之间又是有区别的，它们有内亲与外戚之别。内称兄弟，外称亲戚。从时间上看，由母系血缘所确定的亲戚关系，在两三代内，还为人们重视，亲戚间的往来也还很频繁。但随着时间的推移，年代的久远，这种关系将会模糊不清，甚至消失。故有“一代亲，二代表，三代四代快光了”的说法，更甚者还有“姑爹死了姑妈在，姑妈死了断头菜”的说法。从地域上看，同一家族、宗族的人大多聚居在一定范围内，与村寨和土地较稳定地联系在一起。而亲戚关系却是通过联姻而形成的家与家之间、族与族之间的关系，这就使得亲戚关系复杂多样，交叉重叠，不断变动，缺少一种稳定性。因此，在水族宗族社会体系中，父系血缘关系处于支配地位，是联系各种社会关系的主干线。而母系血缘关系则处于从属地位。