元代，中央王朝在今水族聚居的三都烂土一带设定云府，改陈蒙、合江两洞为州。至元二十九年（1292年）又增设陈蒙、烂土军民安抚司以总其地。1297年，将广西行省所属庆远路总管府与南丹安抚司合并为庆远南丹溪洞等处军民安抚司，其下属的四州、六县中即包括今天水族聚居的荔波以及三都九阡、三洞、周覃等广大地区。庆远南丹溪洞等处军民安抚司的设立，表明水族地区全面纳入了土司制度的范围。从元代水族地区向中央王朝纳贡的粮食、马匹等贡陚的品种和数量来看，元代水族社会的农业生产不但较宋代有了较大的提高，以纺织业为龙头的手工业也有了较大的发展。据史料记载，元代陈蒙烂土合江州（治所在今天三都县大河镇龙场村的蒙家院，辖地包括今烂土、大河、丰乐以及都匀市的套头地区）开始了大规模的农田水利开发，他们组织地方人力开挖沟渠，引马场河水，灌溉龙场坝的万亩良田。这是水族地区关于农田水利设施建设的最早记载。这一水利工程经过后世的完善，直到今天仍然造福于大河镇的场坝村和国有三都大河农场。