明代防务，始终把重心放在防范北方边疆少数民族的入侵（前期是蒙古族，后期是满族），对于东南海防不很重视。明王朝一改宋、元时期积极经营台湾的政策，视台湾为“弃地”，不闻不问，甚至曾一度下令裁撤澎湖巡检司，强迫居民迁入内地，严禁沿海人民制造海船“交通外蕃，私易货物”。从明初开始，这种愚蠢的“海禁政策”实行了200年之久，直到16世纪中叶才被迫废除。这不仅给大陆人民移垦台湾设置了重重障碍，而且给外敌入侵大开方便之门。于是从16世纪初叶开始，我国东南沿海一带海盗猖獗、倭寇横行，日本、西班牙、荷兰等国的侵略势力相继扩张到台、澎地区，并展开剧烈的角逐，使东南沿海人民遭受了空前的苦难和浩劫。1624年（明天启四年），荷兰侵略者占据台湾。自此，台湾被荷兰殖民者统治了整整38年。