惯性原理也有被宗教神学歪曲利用的可能性。它可以说明行星运动的继续维持，但却不能说明行星运动怎样开始，也不能说明为什么行星不断偏离直线轨道而作绕日运转的圆周运动。伽里略没有向自己提出这个复杂的科学——哲学问题。他的惯性原理把上帝的推动作用取消了，但他本人并不完全反对上帝的存在。据他说，上帝已把数学的必然性赋予了自然界，并通过自然创造了人类的理解力，而人类只要依靠自己的理解力就可以探寻到自然的秘密，不需要处处借助于上帝的神力。这种观点当然还不是彻底的无神论，但它却为无神论的发展打开了广阔的天地。在一切自然的奥秘被人类的理解力揭开的地方，上帝的超自然作用也就从那块阵地上被赶了出来，科学把上帝赶进了死胡同。