巫术本质上是相信某种超自然力量的存在，人们可以凭借它实现自己的非人力所能实现的意图。由此可见，巫术本质上不仅与科学不同，而且完全对立。因为科学的基本特点在于它是从自然本身去说明自然，从客观事件本身的因果联系去说明客观事件（或者从原因推知其后果，或者从后果去寻找其原因）科学完全不借助于超自然、超人间的力量，否则科学就不成其为科学。当然，正如泰勒和弗雷泽所说，巫术行为包含着某种象征性的类推原理，假定了一种巫术行为与预期目的的因果联系。但这并不能成为把巫术与科学等量齐观的理由。因为弗雷泽视为与巫术对立的“宗教”也同样包含有象征性的类推原理。宗教信徒对神明的祈祷与哀求，本质上是人际关系的类比和外推，在人际关系中，人通过对别人的祈求达到一定的目的，这里也包含有因果关系的认识，把这种因果推理用类推的办法用到人—神关系之上，就成了弗雷泽所理解的“宗教”。在这里，巫术并没有完全不同于宗教的特殊优越性而可以把自己放置在科学的位置上。泰勒所谓巫术是“假科学”、弗雷泽所谓巫术是“假自然律体系”，这些提法也反映了巫术的本质。假的不真，真的不假，正说明巫术不是科学，二者本质上是对立的。马林诺夫斯基根据他对美拉尼西亚的特洛布利安群岛的实地调查，得出结论说，原始人对经验—理性知识与巫术的应用是分别得很清楚的。在人工技巧和经验知识足够应用的场合，并不求助于巫术；而在人力没有把握取得成功或危险很大的时候则诉诸于巫术；有时两者并用，但却毫不相混。他列举了许多观察到的事实：