在西方，产生了众多的独立于宗教的博大思想体系的希腊哲学，现在已进入了“在宗教中寻求避难所的历史时期”。“希腊思想汇集了其思想史上的成就，同开始一样，归结于宗教”。柏拉图主义向新柏拉图主义，毕达哥拉斯主义向新毕达哥拉斯主义的发展，是十分鲜明的例子。本来毕达哥拉斯主义和柏拉图主义就包含不少宗教成分，毕达哥拉斯认为灵魂是堕落的精神，并被囚于肉体之中；柏拉图强调神秘体验，主张灵魂不灭，认为统治世界的是善而不是偶然，他的“善”的理念已经很接近上帝的观念。而在早期罗马帝国盛行的斯多葛主义，更富于宗教气息。它主张人类一体，神人谐和，由同一位主宰支配，提倡恬淡寡欲、节制有度的宗教道德，并且肯定宗教和哲学是一回事，认为其本质在于服从宇宙意志并协助实现宇宙的目的。对于这一时期需要宗教的人们来说，旧的哲学体系已不能满足他们的思想要求。“同上帝疏远的感觉，对更高启示的渴望，是旧世界最后几个世纪的特征。这种渴求表明人们意识到古典族及其文化的衰落，预感到一个新时代的来临；它不仅使基督教兴起，而且，甚至在基督教产生以前，还使异教和犹太的亚力山大主义以及同它相连属的现象流行于世。”

尽管古代希腊唯物主义自然哲学具有丰富而且深刻的科学内容，但它毕竟具有想像和猜测的性质，不可能在实验室中再现出来得到科学的检验。当唯物主义哲学家用“想象和猜测”的哲学世界观去否认超自然神灵的权威的时候，唯心主义哲学家和宗教神学家也同样可以用“想象和猜测”的神学唯心主义来论证和加强超自然神灵的权威。再加上统治阶级对宗教的需要和利用，宗教不仅未被科学和哲学所压倒，而且继续发展，在整个欧洲的中世纪竟成为压倒一切的上层建筑，取得万流归宗的至上地位。科学成了宗教的牺牲品，哲学成了神学的婢女。它们都不能超越教会信条所规定的界限。