埋葬制度方面，两处遗址各有不同。菜园子的墓葬区分布在遗址东面的一块四方形台地上，均为六面用石板拼合而成的石棺墓。从葬式而言，一般是单人仰身直肢葬，未见母子或夫妻合葬。随葬品较为简单，仅有陶罐或石质工具，一般女子随葬纺轮，男子随葬石斧或箭镞。陶器每个墓中一般1—3件不等。元谋大墩子的墓葬则有所不同，1973年在该遗址发掘了成人土坑竖穴墓19座，幼儿瓮棺墓18座。从死者的随葬品、骨骼、伤痕等情况判断，他们并非正常死亡，有断肢、俯身、屈肢、缺肢、捆绑状、手捂面、砺石压身等情况。无一具两腿伸直、两手平放的骨架，其中还有被砍伤和中箭者。从这些情况分析，大墩子新石器遗址应处于新石器时代的晚期。