这种种哲学理论都不过是一种理性的想像和推测，并不符合于我们现代人所了解的自然科学。可正是这些猜测性的哲学推理引导人们逐步打开了自然奥秘的大门，开辟了通向真正自然科学的道路。它的科学意义在于否定了传统宗教及其所奉神灵的权威，从自然界本身去寻找自然现象的原因，用人类自己的理智去代替神灵的意志。不仅打破了神灵对“自然秘密”的垄断，而且也从对“自然秘密”的解释中排除了神灵的作用，力图用物质本原与万物的物理交换或物质循环过程来说明自然事物的生灭变化及其原因，用物质元素在数量上的增减和结构上的变化，来说明物质形态及其属性的多样性。这样一来，神灵在自然界的作用就不再需要了，神灵的存在可有可无了。希腊神话中开天辟地的泰坦诸神被自然哲学家视为“古代人的虚构”而否定了；那些散居在山川森林之中的“尼姆斐”仙女们被自然哲学家们一笔勾销了；高踞于奥林匹斯高山之巅的宙斯神族或者被放逐于人们视野之外，或者被驱赶到宇宙诸天层的空隙之中。赫拉克利特断然否定神灵创造世界的传统神话：“这个世界对一切存在物都是同一的，它不是任何神所创造的，也不是任何人所创造的；它过去、现在和未来永远是一团永恒的活火，在一定的分寸上燃烧，在一定的分寸上熄灭。”