需要说明的是，上述刻卜勒三定律的反宗教神学的意义，是就它所包含的客观价值及其对后来的科学和无神论的发展的实际影响说的。一个人的理论和主张常常违背本人的意愿而被后人作相反的应用，这在历史上屡见不鲜，刻卜勒就是一个。刻卜勒本人并不是无神论者，甚至是一个虔诚的基督徒和占星术的信徒。在世界观和方法论上，他受毕达戈拉斯和柏拉图的影响至深。他深信世界是上帝按照完美的数学原则创造出来的，他自己的全部科学工作的最后目的，便是努力发现上帝心中的数学的和谐。他认为，他发现的天体体系的几何学结构就是行星距离的真正原因。他和柏拉图一样，认为上帝总是在应用几何学。不过，这种数的神秘主义并不能改变刻卜勒定律本身的科学实质，而一切真正的科学发现总是和宗教神学根本对立的，不管这些科学规律的发现者本人是否愿意，它们迟早总要导致与宗教学的直接冲突，把上帝的作用从这个领域中清除出去。这种结局稍后不久就由伽里略实现了。