内在神论与泛神论一样，也不把神视为超越世界的存在，而是把神说成是某种神性而内在于世界万物之中。神性内在于世界，实际上也是神的泛在，故内在神论与泛神论本质上是一个东西，可以看成是泛神论的一种特殊形式。

上述几种希腊哲学中的内在神论，虽然提到了神的名称并讨论了神内在的存在，但本质上是一种哲学学说，不是宗教教义。而且其主要目的是反对传统宗教的超越神的存在。不过后期斯多葛学派逐渐自觉地向宗教神学靠拢。新柏拉图主义在这一点上尤为突出，使具有反传统宗教色彩的内在神论演变成了浓厚的宗教神秘主义。普罗提诺把上帝说成是“绝对的太一”，它产生一切，流出一切，而上帝本身则是无因构成的初始因。这种上帝观无疑是超神论。但他认为世界不是由上帝“创生”，而是由上帝“流溢而出”。先流出观念（现象世界的模型），次流出世界灵魂，再次则流出物质自然。一切事物都分有灵魂和观念，从而具有神性。人因此而可以直观上帝，与上帝合一，复归于上帝。这种流溢说使世界上一切事物都内在地具有神性，甚至多神教的神祇也是神性的表现。普罗提诺的内在神论具有浓厚的神秘主义性质。公元九世纪著名神学家约翰•司各脱•伊里杰纳的思想既是泛神论，也是内在神论。他承认上帝按照其思想“逻各斯”中的计划和模式创造世界。但他因此而认为宇宙万物乃是上帝本质的表现。表现不脱离表现者，不是被上帝所拋弃，而是上帝活生生的外衣。上帝内在于世界之中。上帝与他的创造物是合二而一、浑然一体的，而不是超越世界之外的存在。伊里杰纳的内在神论影响了整个中世纪异端神学。十二世纪的阿摩利和迪南的戴维，十三世纪的博纳班图拉和埃克哈尔特均以不同的形式继承和发展了他的观点。

希腊早期的哲学家用唯物主义的世界观反对传统宗教，他们在取消超世界而存在的神的时候，常常把神解释为万物的内在动力和生命原则。亚理士多德在《论灵魂》中指出：“根据关于泰利士的记载来判断，他似乎是把灵魂看成某种具有引起运动的能力的东西。”“人们还说，灵魂是作为组成部分存在于全宇宙中的，泰利士也许就是因此而得到万物都充满着神灵这个看法的。”这种具有物活论色彩的内在神论，在阿拉克萨戈拉和斯多葛学派那里得到进一步的发展。阿氏认为充满宇宙的奴斯（心灵）赋予世界万物的合乎理性的秩序并推动它们运动。斯多葛学派则认为神就是世界灵魂或“逻各斯”，它弥漫于宇宙之中，渗透于万物之内，整顿万物秩序并赋之以运动变化的活力。此派代表人物芝诺似乎把神定义为世界的烈火心灵。神是有形体的实体，而整个宇宙就构成神的形体。据德尔图良说，芝诺认为神渗透到物质世界就象蜜蜂渗透到蜂房里一样。据第欧根尼•拉尔修说，芝诺认为“普通的规律”也就是“正当的理性”，是渗透于万物之中的，是与宇宙政府最高的首脑宙斯同一的，神、心灵、命运、宙斯都是同一个东西。命运是推动物质的力量，天意或自然就是它的别名。