第二种常见的调和
宗教与科学的论调和手法，就是歪曲科学新成就的性质和意义，利用科学在前进中的某些暂时性的困难和曲折，力图把科学纳入神学体系之中。在科学发展的历史上，每一个重大的发现，几乎总是一开始就遇到来自
宗教神学的攻击和教会的迫害，而当得到实践的证实和普遍的承认以后，
宗教方面无法继续反对了，便改变策略，转而歪曲科学的性质和意义，对它作出有利乎
宗教的神学解释。达尔文生物进化论的遭遇是这方面最
典型的说明。最先，
基督教会把它视为洪水
猛兽全力围剿；失败之后，便转而采取顺应达尔文主义的策略，企图在进化论基础上建立新的神学。有些神学家根据进化论改造传统的上帝观念，把圣经中那个超世界之上而存在的上帝改造为内在于世界之中的上帝，并在此基础上来调和达尔文主义与上帝造人的神学说教的对立。按照他们的新说法，虽然达尔文认为人是
猴子的后代，但基督徒仍可按圣经的传统说法，把自己认为是上帝的
子孙，因为上帝存在于一切生命的内部。另有一些神学家的说法更为巧妙，据他们说，“进化”本来就是上帝头脑中的一个观念，生物的进化历程就是它的展示。